San Bartolomeo è stato Comune autonomo rispetto alla città di Brescia fino al 1881. Era a quei tempi un territorio di piccole contrade, campi, antiche strade, percorsi sinuosi di canali e di rogge.
La vocazione di questo borgo fu segnata dalla sua collocazione allo sbocco della produttiva Valle Trompia e dalla disponibilità di forza idraulica, fornita da due canali che attraversano il suo territorio derivati dal fiume Mella, il Bova e il Grande. La ricchezza di acque fu determinante per la presenza di opifici che ne sfruttavano l'energia. Mulini da grano, fucine da rame e da ferro, concerie di pellami, officine per la molatura delle lame, frantoi da olio erano così numerosi lungo il corso dei canali Grande e Bova da conferire al territorio una chiara identità pre-industriale.
Alla metà dell'Ottocento, erano trentotto gli insediamenti industriali attivi a San Bartolomeo. Sul Grande si era inoltre insediata nel 1837 la prima filatura di cotone del Bresciano.
Risale invece agli ultimi decenni dell'Ottocento la saldatura del borgo industriale di San Bartolomeo con la zona delle fabbriche che attualmente si identifica come Comparto Milano, la più vasta area ex-industriale bresciana, attualmente oggetto di un esteso e impegnativo intervento urbanistico e futura sede dell'altro polo urbano del Museo dell'Industria e del Lavoro, del quale il Museo di San Bartolomeo rappresenta l'avvio.
Attualmente lo sfruttamento intensivo dei canali, ridotti spesso a collettori di scarichi fognari, l'insediamento massivo di quartieri residenziali, l'ampliamento di zone industriali stanno velocemente modificando l'immagine storica che si era ben conservata fino alla fine degli anni Cinquanta. Vari sono gli edifici artigianali e di prima industrializzazione che hanno subito drastiche trasformazioni ed un naturale cambiamento delle destinazioni d'uso. Le rilevanze storico-ambientali del quartiere sono state comunque riconosciute dallo strumento urbanistico del Comune di Brescia, che ha classificato la zona quale "A2 - Nuclei antichi ed edifici di interesse storico, artistico ed ambientale".